San Roque fue un convento y templo de la Orden Franciscana, en el año de 1575 se convirtió en una de las sedes de la evangelización del oriente por orden del Alcalde Mayor Don Diego Sarmiento de Figueroa y para el año de 1634, quedo convertido en el primer hospital de la villa conocida como Santo Nombre de Jesús.
El edificio adquiere un nuevo status, al ser inhumados los restos de los alcaldes Hipólito de Osorno y Pedro Gabriel de Covarrubias, personajes de un histórico y sonado caso, ya que fueron asesinados al pie del altar mayor del Templo Principal de Valladolid, lo que obligo a construir otra iglesia y cambiar la entrada principal del templo, ya que en la actualidad mira hacia el norte en ves del poniente. Esto sucedió en el año de 1703.
En San Roque, se fundo la Cofradía de la Santa Veracruz, a la que pertenecieron Valladolid, Mérida y Campeche en ese año de 1575.
En los patios de este edificio, fueron pasados por las armas los personajes de la «Primera Chispa» de la Revolución en 1910, cuyos restos se encuentran en la parte lateral de lo que fuera el convento.
Entre el año de 1947 y para de la década de 1950, este edificio albergo la primera planta de electricidad de Valladolid y posteriormente, entre los años de 1983 y 1993, el edificio fue sometido a una restauración y se convirtió en el Museo de la Ciudad, lugar en el cual se entretejen la historia y el presente del antiguo Zací y sus alrededores.
La inauguración del museo fue el 28 de Mayo de 1998 y su entrada no tiene ningún costo, con horarios de atención de lunes a sábado de 8:00 a 20:00 horas y los domingos de 9:00 a 18:00 horas.