La que probablemente es una de la más atrayente de las Capillas ubicadas en la Catedral de Guadalajara, por su leyenda, es la dedicada al Señor de las Aguas, cuya imagen fue manufacturada en pasta de caña en el año de 1598; la capilla ocupa el lugar donde estuvo la antigua Parroquia del Sagrario.
Narra la historia que esta imagen fue encontrada flotando sobre las aguas de la Laguna de Magdalena y que las poblaciones de San Juanito y La Magdalena se disputaban su propiedad; pasado el tiempo y para evitar que creciera la disputa entre los lugareños, se decidió que se llevara a la Catedral y se le dedicara la capilla, que es una de las más antiguas, como se había mencionado anteriormente.
Para conocer la leyenda que rodea a esta imagen, puedes hacerlo visitando el siguiente articulo: La Leyenda del Señor de las Aguas.