Fray Antonio Alcalde y Barriga, obispo de la ciudad de Guadalajara, decidió levantar un gran hospital, con la capacidad de albergar a mas de mil enfermos, que también tuviera un convento para los religiosos, un templo y un cementerio con la capacidad de recibir a cuanto difunto saliera del hospital.
Por lo que en 1786, le propuso este plan al entonces Presidente de la Real Audiencia de Guadalajara, el Señor Sánchez Pareja. Al ser aceptara su petición, se decidió el realizar la construcción de este lugar a bastante distancia del pueblo y la obra quedo proyectada en Septiembre de 1786, pero no se pudo llevar a cabo debido a la falta de fondos en ese momento.
El 1º de Marzo de 1787, la Real Audiencia aprobó el terreno para la construcción del hospital y el cementerio, siendo el 3 de Mayo de 1794 cuando se inauguro la obra del hospital, quedando pendiente la construcción del cementerio.
En 1836, llego el obispo Diego Aranda y Carpinteiro, que entre sus logros tiene el de la construcción de las actuales torres de Catedral de Guadalajara (las anteriores fueron destruidas el 31 de Mayo de 1818), la introducción del agua para el barrio de San Juan de Dios y el Hospital Real de San Miguel, así como del nacimiento del Panteón de Belén en 1843.
Aranda le encomendó al arquitecto Manuel Gómez Ibarra el levantamiento de un cementerio, iniciando la obra en Julio de 1843 y ocupando el terreno de la antigua huerta del hospital. Siendo en Diciembre de 1844 cuando fue inhumado el cadáver del señor Isidoro Gómez Tortolero; convirtiéndose en el primer inquilino de este cementerio.
Dado el fervor guadalupano que el obispo Aranda le tenia a la Virgen del Tepeyac, bautizó a este nuevo panteón con el nombre de Nuestra Señora de Guadalupe, siendo que después se le pusieron los nombres de Panteón de Belén y Panteón de Santa Paula, olvidándose del dedicado a la Virgen de Guadalupe.
Es muy probable qué el arquitecto Manuel Gómez Ibarra se basara para el diseño de este panteón, en los de Manuel Tolsá realizados en el año de 1808 y del Panteón de Santa Paula en la Ciudad de México, el cual tenía cuatro galerías.
El cementerio tuvo la forma de un rectángulo de 130 metros de ancho por 350 metros de longitud y está dividido en dos patios; el primero está al poniente y tiene una dimensión de 180 metros por lado.
El segundo patio, que da al fondo del anterior, estaba dedicado al entierro de pobres; ese panteón perteneció a la beneficencia pública.
El Panteón de Belén funcionó casi medio siglo, ya que fue clausurado el 29 de Octubre de 1896 y por acuerdo del dictamen de la Junta Directiva del Consejo Superior de Salubridad, se clausuró el 1º de Noviembre de ese mismo año, pues la Junta lo consideraba muy saturado de gérmenes peligrosos.
Continuaron los entierros, pero exclusivamente para aquellos que tenían propiedad. Cabe comentar que el llamado "patio de los pobres" se quitó en 1967 al no encontrarse ninguna tumba reconocible, y en su lugar se termino construyendo la Torre de Especialidades del Hospital Civil adyacente.
Con el paso del tiempo, se han ido creando leyendas en torno a este lugar, entre las mas representativas se encuentran las siguientes: El Vampiro de Guadalajara, El Caso de Nachito, El Tesoro del Pirata entre otras tantas.
En la actualidad, el Panteón de Belén funge como un tipo de museo y ya no se tiene el acceso libre, sino que se tiene que esperar uno a los recorridos que hacen en los siguientes horarios: 10:00, 11:00, 13:00 y 15:00 horas. El costo del boleto es de $20.00 pesos por adulto y si traes cámara, el boleto tiene un costo de $55.00 pesos.
También existen recorridos nocturnos, en los cuales te cuentan leyendas e historias de este ya famoso panteón en Guadalajara.