El Real de Minas de Comanja fue descubierto por Pedro Almindez de Chirinos en el año de 1531, durante una expedición de españoles e indígenas fieles por orden de Nuño de Guzmán a Zacatecas.
Al no conocer bien los terrenos, se extraviaron debido a lo montañoso del terreno y lo tupido de la sierra, por lo que se vieron en la necesidad de acampar y fundar una congregación en un pequeño valle al pie de la sierra alta.
En esta zona, los españoles encontraron oro casi a flor de tierra, por lo que los misioneros de la Orden Jesuita les llevaron algo de este mineral a los Reyes de España y les pidieron que les mandara un Santo Patrón para venerarlo en esa nueva congregación, siendo así que el Rey Fernando de España, les obsequio la imagen de Jesús flagelado y martirizado al recién fundado Real de Minas de Comanja.
El pueblo de Comanja, es un pueblo muy antiguo de tradición minera y cuenta con pasajes históricos muy relevantes tales como la explotación de las minas, la dificultad de evangelización, las batallas durante la Guerra Cristera, la muerte de Pedro Moreno así como la rendición de Francisco Javier Mina.
Fue en la fundidora que se encontraba en este lugar, donde se realizo toda la herrería de la Catedral Metropolitana de León y de la Parroquia de Nuestra Señora de la Asunción.
También es muy recomendado el visitar la antigua Mina del Horcón, la cual atraviesa por debajo de una montaña y lleva hasta la Antigua Comanja, que en la actualidad es un pueblo fantasma.