la imagen de la Virgen del Pueblito fue elaborada en caña de maíz por Fray Sebastián Gallegos en el Convento de San Francisco el Grande en la ciudad de Querétaro, entre los años de 1631 y 1632.
En 1643 el Fray Nicolás de Zamora coloco esta imagen de la virgen en una ermita que se construyo para esta finalidad entre el pueblo del San Francisco Galileo y la Pirámide del Pueblito.
Una segunda ermita se construyo en el año de 1714 en el antiguo panteón municipal y la imagen de la virgen permaneció en este lugar 22 años, mientras se construía el actual templo, adonde fue trasladada el 5 de Febrero de 1736.
En 1743, el maestro Ignacio Mariano de las Casas realizo los últimos arreglos para que de esta forma quedara concluido en su totalidad el santuario en Enero de 1745.
Cabe comentar que durante la Guerra de Reforma, se perdió el retablo barroco que se encontraba en el altar, así como numerosas piezas artísticas, el retablo fue sustituido posteriormente por otro de estilo neoclásico.
Durante la Guerra Cristera, en la época de Plutarco Elías Calles, allá por los años de 1926 a 1929 la imagen de la Virgen del Pueblito, fue escondida dentro del mismo Convento-Santuario.
La Virgen del Pueblito es muy querida y se le tiene mucha devoción en el Pueblito, así como en el estado de Querétaro en general y tiene tres celebraciones: la mas antigua que termina el domingo de carnaval, el aniversario de coronación que se celebra dos domingos después del 17 de Octubre y por ultimo, su fiesta religiosa, que se lleva a cabo el sábado anterior al cuarto domingo de Pascua.